Парные хромосомы называются гомологичными. Место в хромосоме, где располагается тот или иной ген называется локусом. Гены, находящиеся в одинаковых локусах гомологичных хромосом называются аллельными. Каждый ген отвечает за определенный признак и обозначается буквой или символом. Так ген С, отвечает за наличие пигментации в волосе. Аллельные гены обозначаются одинаковыми буквами СС. В результате рецессивной мутации появились кролики альбиносы с генотипом сс. Мутация – это изменение гена, под воздействием каких - то факторов (биохимических или биофизических). Если один и тот же ген мутировал несколько раз, появится серия множественных аллелей- С>с^shi>с^m>с^н>с. При скрещивании кроликов агути СС и белой окраски сс получается молодняк с окраской агути  генотипа Сс. Если наличие одного гена подавляет действие другого, говорят о полном доминировании первого. Следовательно ген С  - доминантный подавляет действие гена с, а ген с подавляемый или рецессивный. Особи с одинаковым набором хромосом называются гомозиготами СС, сс, а с разным гетерозиготами Сс. В некоторых случаях наблюдается неполное доминирование, так при скрещивании нормальноволосых кроликов LL с длинноволосыми ll рождается потомство Ll с удлиненным волосяным покровом.

   Большинство генов окраски наследуется по законам Г. Менделя. То есть в первом поколении ( F₁) при скрещивании гомозиготных кроликов разной окраски, молодняк будет однородным ( полное доминирование) или с промежуточной окраской ( неполное доминирование). Помеси первого поколения дают расщепление -при полном доминировании 3:1, при неполном 1:2:1.

    СС                 Х                 сс             =          Сс

Серый великан          Белый великан          F₁Серый великан

      Сс                  Х                Сс              =          1СС    :    2Сс    :    1сс

Серый великан        Серый великан     F₂Сер велик.  Сер.в      Белый в

Если родители различаются по двум рецессивным генам, то в первом поколении они не проявятся и окраска всех потомков будет агути как у дикого кролика.

Гаванна (BBAA) Х Серый великан (bbaa)  =  Серый великан (ВbAa)

Помеси первого поколения дают расщепление  9:3:3:1

Каждый признак может определятся не одним, а несколькими генами, например стандартная серозаячья окраска кролика проявляется при наличии генов ССВВDDЕЕАА если хоть одна пара генов изменяется, изменяется окраска.

   Иногда наличие одного гена не дает проявиться другим генам. Это явление носит название эпистаза. Так, например ген альбинизма не дает проявиться генам другой окраски.

   Нередко один ген, оказывает влияние на несколько признаков, так ген коротковолосости rr не только влияет на длину волосяного покрова, но и на его тонину. У коротковолосых кроликов (рексов), даже вибрисы, извитой формы.

   У кроликов 22 пары хромосом. Изучено пока около 20 пар генов, ответственных главным образом за проявление окраски и структуры опушения ССВВLLЕЕААе_nе_nS₁S₁….S₄S₄VVp₁p₁..p₃p₃WWLLRR. Совокупность всех генов, определяющих развитие наследственных свойств животного, называется генотипом. Прямым показателем генотипа кролика является его потомство. Косвенные показатели генотипа: родители, братья, сестры (сибсы), полубратья, полусестры (полусибсы). Такие признаки как живая масса, качество опушения, окрас представляют фенотип кролика и под действием паратипических факторов, могут изменяться.